Wśród podstawowych metody określania dochodów podatników w drodze oszacowania cen wyróżniamy metodę porównywalnej ceny niekontrolowanej, metodę ceny odsprzedaży oraz metodę rozsądnej marży „koszt plus”.

Metoda porównywalnej ceny niekontrolowanej polega na porównaniu ceny przedmiotu transakcji ustalonej w transakcjach między podmiotami powiązanymi z ceną stosowaną w porównywalnych transakcjach przez podmioty niezależne i na tej podstawie określeniu wartości rynkowej przedmiotu transakcji zawartej między podmiotami powiązanymi.

Porównania dokonuje się na podstawie cen, jakie stosuje dany podmiot na danym lub porównywalnym rynku w transakcjach z podmiotami niezależnymi (wewnętrzne porównanie cen), lub na podstawie cen, jakie stosują w porównywalnych transakcjach inne niezależne podmioty (zewnętrzne porównanie cen).

Metoda ceny odprzedaży polega na obniżeniu ceny określonej w transakcji danego podmiotu z podmiotem niezależnym, dotyczącej dóbr lub usług nabytych uprzednio przez ten dany podmiot od podmiotu z nim powiązanego, o marżę ceny odprzedaży. Tak ustalona cena może być uważana za cenę rynkową określoną w transakcji danego podmiotu z podmiotem z nim powiązanym.

Marża ceny odprzedaży obejmuje wydatki bezpośrednie i wydatki pośrednie, jakie poniósł dany podmiot w związku z tą transakcją, oraz odpowiednią dla tego typu transakcji stopę zysku. Jeżeli podmiot przed odprzedażą przetworzył lub w inny sposób spowodował zmianę wartości rzeczy lub usługi, zmianę tę uwzględnia się przy dokonywaniu korekty ceny.

Marża ceny odprzedaży nie obejmuje wydatków stanowiących równowartość ceny przedmiotu transakcji oraz kosztów ogólnych zarządu, to jest kosztów działania jednostki jako całości oraz kosztów zarządzania tą jednostką.

Marżę ceny odprzedaży ustala się poprzez odniesienie do poziomu marży, jaką ten sam podmiot stosuje w porównywalnych transakcjach zawieranych z podmiotami niezależnymi, lub marży stosowanej w porównywalnych transakcjach przez podmioty niezależne.

Przy określaniu wysokości marży ceny odprzedaży uwzględnia się w szczególności:

1) czynniki związane z upływem czasu pomiędzy pierwotnym zakupem a odprzedażą, w tym dotyczące zmian na rynku w zakresie kosztów, kursów walut, inflacji;

2) zmiany stanu i stopnia zużycia rzeczy lub praw będących przedmiotem transakcji, w tym będące wynikiem postępu technicznego w danej dziedzinie;

3) wyłączne prawo odprzedawcy do sprzedaży określonych rzeczy lub praw, mogące wpływać na decyzję o zmianie marży.

Metoda rozsądnej marży („koszt plus”) polega na ustaleniu ceny sprzedaży rzeczy i praw oraz świadczenia usług w transakcji danego podmiotu z podmiotem powiązanym na poziomie sumy bazy kosztowej i narzutu zysku, porównywalnych do bazy kosztowej i narzutu zysku ustalanych pomiędzy podmiotami niezależnymi, które uwzględniają porównywalne funkcje, ponoszone ryzyka oraz angażowane aktywa.

Przez bazę kosztową w tej metodzie rozumie się sumę kosztów bezpośrednio związanych z nabyciem lub wytworzeniem we własnym zakresie przedmiotu transakcji oraz kosztów pośrednich, z wyłączeniem kosztów ogólnych zarządu, to jest kosztów działania jednostki jako całości oraz kosztów zarządzania tą jednostką.

W metodzie rozsądnej marży narzut zysku jest kalkulowany w oparciu o bazę kosztową.

Narzut zysku w stosunku do określonej bazy kosztowej ustala się poprzez odniesienie do poziomu zysku, jaki ten sam podmiot stosuje w porównywalnych transakcjach z podmiotami niezależnymi, lub zysku stosowanego w porównywalnych transakcjach przez podmioty niezależne.