W przypadkach gdy nie można określić dochodów za pomocą metod podstawowych, dopuszcza się zastosowanie metod zysku transakcyjnego, polegających na określaniu dochodów na podstawie zysku, jakiego racjonalnie mógłby oczekiwać dany podmiot uczestniczący w transakcji.

Metody zysku transakcyjnego należy stosować tak, aby nie zwiększać obciążeń podatkowych podmiotu wyłącznie z powodu osiągania zysków niższych niż zyski przeciętnie osiągane przez inne podmioty, jeżeli mniejszy zysk lub nieosiągnięcie zysku przez dany podmiot przypisać można czynnikom ekonomicznym lub organizacyjnym.

Przy określaniu dochodów z transakcji realizowanych przez podmioty powiązane dopuszcza się stosowanie następujących metod zysku transakcyjnego:

1) metodę podziału zysków oraz

2) metodę marży transakcyjnej netto.