Metoda marży transakcyjnej netto, polega na badaniu marży zysku netto, jaką uzyskuje podmiot w transakcji lub transakcjach z innym podmiotem powiązanym, i określeniu jej na poziomie marży, jaką uzyskuje ten sam podmiot w transakcjach z podmiotami niezależnymi, lub marży uzyskiwanej w porównywalnych transakcjach przez podmioty niezależne.

Marżę transakcyjną netto, o której mowa w ust. 1, określa się poprzez odliczenie od przychodu osiągniętego w wyniku transakcji kosztów poniesionych w celu osiągnięcia tego przychodu, w tym także kosztów ogólnych zarządu.

Odliczenia kosztów ogólnych zarządu, o którym mowa w ust. 2, dokonuje się, uwzględniając proporcję, w jakiej pozostaje przychód uzyskany w związku z daną transakcją w ogólnej kwocie przychodów.

Stosując metodę marży transakcyjnej netto, należy uwzględnić różnice między podmiotami, których marże są porównywane, a w szczególności należy wziąć pod uwagę takie czynniki jak: konkurencja ze strony innych uczestników rynku i dóbr zamiennych, skuteczność i strategia zarządzania, pozycja rynkowa, różnice struktury kosztów i kosztu pozyskania kapitału oraz stopień doświadczenia w działalności.