Zgodnie z przepisami przejściowymi, znowelizowane przepisy należy obligatoryjnie stosować dla transakcji zawartych po dniu 1 stycznia 2019 r.

Pozostaje jednak pytanie, w jaki sposób udokumentować transakcje, które miały miejsce w roku 2018. Nie ma żadnych wątpliwości, żeby zastosować do nich „stare” przepisy – czyli ustalenie obowiązku podatkowego według wartości przychodów i kosztów w rozumieniu ustawy o rachunkowości za rok 2017 oraz określenie na podstawie tychże przychodów progu wartościowego pojedynczej transakcji.

Ustawodawca daje ponadto możliwość stosowania nowych przepisów, czyli uwzględniając tylko wartość transakcji kontrolowanej oraz ustawowe wyłączenia z obowiązku dokumentacyjnego – pod warunkiem, że znowelizowane przepisy podatnik zastosuje do wszystkich transakcji z podmiotami powiązanymi.