Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów p16rawa podatkowego. Kontrola podatkowa jest przeprowadzana przez organy podatkowe pierwszej instancji. Jedynie kwestia  sprawdzenia stosowania uznanej metody ustalania ceny transakcyjnej między podmiotami powiązanymi, leży w gestii Ministra Finansów.

Kontrola może być przeprowadzona u podatników, płatników, inkasentów oraz następców prawnych, którzy ogólnie są określani mianem „kontrolowanych”. Jeśli jednak kontrolowany nie może być obecny podczas kontroli (np. z powodu choroby), wówczas ma prawo wyznaczyć osobę upoważnioną do działania w zakresie odbioru zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, wyrażenia zgody na jej wszczęcie przed upływem 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia, odbioru upoważnienia do jej przeprowadzenia, zakończenia kontroli oraz złożenia wyjaśnień i ewentualnych zastrzeżeń do protokołu pokontrolnego i wszystkich czynności kontrolnych.

Kontrolę podatkową wszczyna się nie wcześniej niż po upływie 7 dni (chyba że kontrolowany wyrazi na to zgodę) i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia o zamiarze jej wszczęcia. Jeżeli upłynęło 30 dni od dnia doręczenia kontrolowanemu zawiadomienia i w tym czasie kontrola nie została przeprowadzona, jej wszczęcie wymaga ponownego zawiadomienia.